Trước khi trở thành đặc khu kinh tế, Thâm Quyến còn là một làng chài. Năm 1979, lãnh đạo tối cao của nước Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa Đặng Tiểu Bình đã cho thành lập Đặc khu kinh tế tại Thâm Quyến. Đây là đặc khu đầu tiên của Trung Quốc do lợi thế nằm giáp Hương Cảng (lúc đó còn là một thuộc địa của Vương quốc Anh). Việc thành lập đặc khu này được coi như là thử nghiệm mô hình Cải cách kinh tế Trung Quốc. Địa điểm này được chọn vì cả dân Thâm Quyến và dân Hương Cảng cùng có chung ngôn ngữ (tiếng Quảng Đông), chung văn hóa và dân tộc nhưng lại có giá nhân công, đất đai rẻ hơn nhiều. Do gần Hồng Kông nên Thâm Quyến có thể dễ dàng thu hút vốn đầu tư và chuyên gia từ Hương Cảng cũng như xuất khẩu hàng hóa sang Hương Cảng và đi các nước. Ý tưởng đã thành công rực rỡ, tạo tiền đề cho Trung Quốc đẩy nhanh quá trình cải cách mở cửa kinh tế. Thâm Quyến đã trở thành một trong những thành phố lớn nhất vùng đồng bằng châu thổ Châu Giang. Đồng bằng châu thổ Châu Giang đã trở thành trung tâm kinh tế của Trung Quốc và là phân xưởng sản xuất của thế giới. Thâm Quyến, tên gọi trước đây là huyện Bảo An (宝安县)- là huyện thuộc tỉnh Quảng Đông vào tháng 11 năm 1979. Tháng 5 năm 1980, Thâm Quyến chính thức được chuyển thành Đặc khu kinh tế. Năm 1988, Thâm Quyến được cho phép có thẩm quyền về kinh tế tương đương cấp tỉnh của Trung Quốc. Thâm Quyến là đặc khu đầu tiên trong 5 đặc khu kinh tế tại Trung Quốc.

Thành phố Thâm Quyến bao gồm 8 quận: La Hồ (罗湖), Phúc Điền (福田), Nam Sơn (南山), Diêm Điền (盐田), Bảo An (宝安), Long Cương (龙岗) và Quang Minh tân khu (光明新区) Bình Sơn tân khu (坪山新区). Các đặc khu kinh tế bao gồm La Hồ, Phúc Điền, Nam Sơn và Diêm Điền.

Nằm trong trung tâm của Đặc khu và sát Hương Cảng, La Hồ là trung tâm tài chính thương mại, diện tích 78,89 km². Phúc Điền là trung tâm hành chính của thành phố, là trái tim của Đặc khu, rộng 78,04 km². Nam Sơn rộng 164,29 km² là trung tâm của công nghệ cao, quận này nằm phía đông Đặc khu. Bên ngoài đặc khu, Bảo An rộng 712,92 km² nằm ở phía tây bắc và Long Cương rộng 844,07 km² nằm ở phía đông bắc của Thâm Quyến. Diêm Điền (75,68 km²) là cơ sở dịch vụ hậu cần hàng hải (logistics). Quang Minh Tân khu mới được tách ra từ quận Bảo An kể từ ngày 31 tháng 5 năm 2007, có diện tích 79 km². Cảng Nhan Điền là cảng nước sâu container lớn thứ thứ hai của Trung Quốc và lớn thứ 4 thế giới.